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NGS前沿應(yīng)用:eDNA測(cè)序
[ 發(fā)布日期:2023-12-28 9:53:16    閱讀次數(shù):574 ]


 

什么是eDNA

eDNA是指從環(huán)境中收集的微小DNA片段,來(lái)自于生物體在環(huán)境中釋放的DNA。這些微小的碎片攜帶著豐富的生物信息,可以從水、土壤、空氣等不同環(huán)境中收集。通過對(duì)這些DNA進(jìn)行測(cè)序,我們可以窺探自然界的生物多樣性和生態(tài)系統(tǒng)運(yùn)作的奧秘。


eDNA測(cè)序的過程

采樣收集:采集環(huán)境中的樣本,例如水、土壤、空氣等,這些樣本可能含有生物體在環(huán)境中釋放的DNA碎片。


提取DNA:因環(huán)境樣本較為復(fù)雜,故提取是一大困難點(diǎn)。根據(jù)樣本種類和研究物種,選擇高效的DNA提取方法是關(guān)鍵。


文庫(kù)構(gòu)建:將提取的eDNA樣本進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建。一般有兩種構(gòu)建方法,一是宏基因建庫(kù),另一種是eDNA宏條形碼,即擴(kuò)增子建庫(kù)。


高通量測(cè)序:經(jīng)過文庫(kù)構(gòu)建后,使用高通量測(cè)序技術(shù),如Illumina、華大智造等,對(duì)eDNA樣本進(jìn)行測(cè)序。這些平臺(tái)可以高效地產(chǎn)生大量的DNA序列數(shù)據(jù)。


數(shù)據(jù)分析:對(duì)測(cè)序得到的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。這可能包括序列比對(duì)、物種鑒定、多樣性分析等,用于確定樣本中存在的生物物種及其數(shù)量。


 

 

應(yīng)用和意義

eDNA測(cè)序技術(shù)在生態(tài)學(xué)、環(huán)境監(jiān)測(cè)、物種分布和多樣性研究中具有重要意義。它能夠非侵入性地監(jiān)測(cè)環(huán)境中存在的生物種類,幫助研究人員了解特定地區(qū)的生物多樣性、環(huán)境健康狀況以及生態(tài)系統(tǒng)的變化。


通過對(duì)eDNA的測(cè)序分析,科學(xué)家們可以更全面地了解自然環(huán)境中的生物多樣性,監(jiān)測(cè)瀕危物種、入侵物種以及環(huán)境變化對(duì)生態(tài)系統(tǒng)的影響。這種技術(shù)對(duì)于生物保護(hù)、環(huán)境管理和生態(tài)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估具有重要的應(yīng)用價(jià)值。


 

結(jié)語(yǔ)

eDNA測(cè)序技術(shù)為我們開啟了一個(gè)全新的視角,讓我們能夠以前所未有的方式理解和探索自然生態(tài)系統(tǒng)。通過收集環(huán)境中的微小DNA碎片,我們能夠解開自然界的謎團(tuán),帶來(lái)更深入的生物學(xué)洞察力,為保護(hù)我們的環(huán)境和生物多樣性貢獻(xiàn)一份力量。



(文章來(lái)源:mp.weixin.qq.com/s/pCC9wmNooktsf-PNdOr7AQ

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