10月13日，國際學(xué)術(shù)期刊Nucleic Acids Research在線發(fā)表了中國科學(xué)院分子細胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心(生物化學(xué)與細胞生物學(xué)研究所)吳薇研究組與廣州國家實驗室的最新合作研究成果“DNA Damage Atlas: an atlas of DNA damage and repair”。這項研究整合開發(fā)了首個DNA損傷修復(fù)高通量測序數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)資源庫：DNA Damage Atlas (DDA)。
DNA損傷在細胞正常生命代謝活動中時有發(fā)生，發(fā)生損傷后如不能及時修復(fù)或修復(fù)時發(fā)生錯誤，極易形成體細胞突變和結(jié)構(gòu)變異，引起腫瘤等重大疾病。為研究 DNA 損傷修復(fù)過程，研究人員開發(fā)了多項用于直接或間接檢測 DNA 損傷和修復(fù)過程的高通量測序技術(shù)。然而，隨著各種測序技術(shù)所產(chǎn)生數(shù)據(jù)的快速累積，如何將其進行統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)化分析并整合供研究者使用是一個亟需解決的問題。
DDA收錄了共來自262個數(shù)據(jù)集的6030個樣本數(shù)據(jù)，涵蓋了針對不同DNA損傷類型的59種測序技術(shù)?；趯?shù)據(jù)進行質(zhì)控、回貼等標(biāo)準(zhǔn)化處理，DDA進一步對DNA損傷修復(fù)熱點(hotspots)進行鑒定，并對其特征展開一系列下游分析。高度重復(fù)序列端粒和核糖體DNA(ribosomal DNA, rDNA)是DNA損傷的熱點，但在之前的研究中，往往因其分析困難而在測序數(shù)據(jù)分析中被忽視。因此，DDA專門構(gòu)建了新的分析流程對端粒和rDNA區(qū)域的損傷修復(fù)信號進行挖掘。此外，DDA為用戶提供了交互友好的界面(http://www.bioinformaticspa.com/DDA/)，包括瀏覽、搜索、genome browser可視化、下載、樣品間比較等功能模塊。
DDA作為一個大規(guī)模、高質(zhì)量的 DNA 損傷修復(fù)數(shù)據(jù)庫，為DNA損傷修復(fù)分子機制的研究提供了一個強大的資源平臺，有助于理解疾病中突變發(fā)生機理和挖掘治療靶點。
分子細胞卓越中心碩士研究生梁羽、袁青青為本文共同第一作者。分子細胞卓越中心吳薇研究員和廣州國家實驗室袁姣研究員為本文共同通訊作者。本研究得到了科技部國家重點研發(fā)計劃、上海市市級科技重大專項和廣州國家實驗室的經(jīng)費資助。
文章鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkad845 | 
