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數(shù)字PCR儀在動(dòng)防系統(tǒng)的應(yīng)用
[ 發(fā)布日期:2023-10-10 8:54:12    閱讀次數(shù):2089 ]
 一、數(shù)字PCR技術(shù)簡(jiǎn)述

數(shù)字PCR技術(shù)(digital polymerase chain reaction,dRCR)有別于實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)(Real-time Quantitative PCR,qPCR)。dRCR是第三代PCR技術(shù),無(wú)需標(biāo)準(zhǔn)曲線,即可對(duì)不同生物樣本類型中獲得的DNA/RNA進(jìn)行更精確、更靈敏的絕對(duì)定量檢測(cè)。

dRCR的原理及流程比較簡(jiǎn)單,以目前主流的納米微孔芯片式dRCR儀為例:

1.配液:加入引物、探針、模板、Master Mix、水配制PCR反應(yīng)體系

2.分區(qū):將PCR反應(yīng)體系加入納米微孔芯片,芯片通常有20000個(gè)以上的納米微孔,反應(yīng)體系分配到各個(gè)納米微孔之中,形成獨(dú)立的反應(yīng)單元;

3.擴(kuò)增:隨機(jī)分配的目標(biāo)DNA/RNA分子在每個(gè)納米微孔中進(jìn)行單獨(dú)、平行的PCR反應(yīng);

4.檢測(cè):擴(kuò)增結(jié)束后檢測(cè)各個(gè)納米微孔的熒光信號(hào);

5.計(jì)算:理論上,樣本充分稀釋時(shí),每個(gè)納米微孔包含少于或等于一個(gè)拷貝的目標(biāo)DNA/RNA分子。但實(shí)際上,部分納米微孔可能含有多個(gè)DNA/RNA分子,因此在計(jì)數(shù)陰性、陽(yáng)性納米微孔后,需要應(yīng)用泊松分布進(jìn)行校正,才能得到目標(biāo)DNA/RNA分子的拷貝數(shù)或濃度。




圖1 dRCR的實(shí)驗(yàn)流程



圖2 dRCR的泊松分布校正


與第一、二代PCR技術(shù)相比,dRCR具有很多優(yōu)勢(shì):一是特異性、靈敏性均有顯著提高;二是在不依賴內(nèi)參和標(biāo)準(zhǔn)曲線的前提下,可直接得到絕對(duì)量化指標(biāo);三是納米微孔反應(yīng)單元相互獨(dú)立、封閉,避免了PCR抑制劑及不同核酸分子擴(kuò)增產(chǎn)物間的相互干擾,極大的提高了檢測(cè)的準(zhǔn)確度和可重復(fù)性。

二、dRCR在動(dòng)物疫病防控中的應(yīng)用

1.核酸標(biāo)準(zhǔn)品定量

核酸標(biāo)準(zhǔn)品是一種已知濃度和純度的核酸分子,可以用于核酸定量、質(zhì)量控制和實(shí)驗(yàn)標(biāo)準(zhǔn)化等方面,是分子生物學(xué)和生物技術(shù)研究中非常重要的實(shí)驗(yàn)材料。使用分光光度法測(cè)量核酸標(biāo)準(zhǔn)品濃度,容易受到污染核酸或蛋白質(zhì)和鹽的影響,核酸標(biāo)準(zhǔn)品為質(zhì)粒時(shí),儲(chǔ)備液的不均勻性或存在沒有靶序列插入的質(zhì)粒,同樣影響標(biāo)準(zhǔn)品定量的準(zhǔn)確性。

dPCR技術(shù)在核酸標(biāo)準(zhǔn)品定量方面的優(yōu)勢(shì)在于其高精度和高可靠性。dPCR技術(shù)可以準(zhǔn)確地計(jì)算目標(biāo)序列的拷貝數(shù),避免了實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)中的測(cè)量誤差和擴(kuò)增效率誤差。因此,dPCR技術(shù)可以提供非常精確的核酸標(biāo)準(zhǔn)品定量結(jié)果。

2.動(dòng)物疫病檢測(cè)

dPCR技術(shù)在動(dòng)物疫病檢測(cè)方面的有廣泛的應(yīng)用前景,可以檢測(cè)各種動(dòng)物疫病的病原體,例如禽流感、口蹄疫、豬瘟等,其優(yōu)勢(shì)在于其高靈敏度、高特異性和高可靠性。dPCR技術(shù)可以檢測(cè)樣品中非常低濃度的病原核酸,靈敏度相對(duì)于qPCR通常高5-100倍,因此可以在早期發(fā)現(xiàn)病例,從而避免疾病的擴(kuò)散和傳播。

圖3 qPCR梯度檢測(cè):10拷貝以下樣本無(wú)法檢出


圖4 dPCR梯度檢測(cè):有效檢出10拷貝以下樣本


3.動(dòng)物疫病多重檢測(cè)

多重PCR技術(shù)一次擴(kuò)增反應(yīng)即可實(shí)現(xiàn)對(duì)多種病原體進(jìn)行檢測(cè),相較單重檢測(cè)而言成本顯著降低。但是仍然存在許多影響多重PCR擴(kuò)增與檢測(cè)效果的因素,其中多個(gè)靶標(biāo)擴(kuò)增效率的一致性是最大的難題,檢測(cè)重?cái)?shù)越多,效率一致性往往越低。dRCR采用終點(diǎn)熒光檢測(cè)和納米微孔分區(qū)技術(shù),檢測(cè)結(jié)果不受擴(kuò)增效率的影響,能準(zhǔn)確定量和避免漏檢。

目前主流品牌的dRCR儀均有多個(gè)檢測(cè)通道,如羅氏診斷的Digital LightCycler數(shù)字PCR儀擁有6個(gè)檢測(cè)通道,可實(shí)現(xiàn)6重病原檢測(cè)。下圖應(yīng)用羅氏dRCR儀同時(shí)檢測(cè)禽流感H5、H7、H9亞型和新城疫病毒4個(gè)病原,各檢測(cè)通道間無(wú)干擾,定量結(jié)果準(zhǔn)確性高。

圖5 羅氏Digital LightCycler數(shù)字PCR儀多重檢測(cè)

4.抗原快速診斷產(chǎn)品的評(píng)價(jià)

來源不同廠家的抗原快檢試劑,靈敏度差異較大。dPCR可以絕對(duì)定量待測(cè)樣品中的病原核酸,從而精準(zhǔn)的評(píng)價(jià)抗原檢測(cè)試劑的檢測(cè)限。

5.動(dòng)物疫苗研發(fā)中的應(yīng)用

dPCR可對(duì)重組腺病毒疫苗等活載體疫苗進(jìn)行定量,作為生產(chǎn)過程中質(zhì)量評(píng)價(jià)、活性滴定、雜質(zhì)評(píng)估的有力工具。同時(shí),dPCR可定量動(dòng)物血液中微量的病毒,可作為疫苗免疫效果評(píng)價(jià)的有效工具。

6.動(dòng)物源性成分檢測(cè)

世界各國(guó)每年都會(huì)有許多肉類摻假事件被曝光,包括將廉價(jià)肉摻入高價(jià)肉或添加非肉成分冒充肉及肉制品等。dPCR技術(shù)可直接對(duì)物種特異性DNA的拷貝數(shù)進(jìn)行絕對(duì)定量,只需構(gòu)建物種特異性DNA拷貝數(shù)與肉粉重量之間的關(guān)系曲線,即可對(duì)肉制品含量進(jìn)行定量。

三、納米微孔芯片數(shù)字PCR儀新貴

Digital LightCycler數(shù)字PCR儀是羅氏最新推出的高性能產(chǎn)品,充分拓展數(shù)字PCR的應(yīng)用領(lǐng)域。

圖6羅氏Digital LightCycler 數(shù)字PCR儀

羅氏Digital LightCycler亮點(diǎn)

1.應(yīng)用靈活:陣列式納米芯片技術(shù),3種密度芯片可更換;

2.多重檢測(cè):6 重?zé)晒舛嗌珯z測(cè),便于開發(fā)更多的應(yīng)用;

3.高度自動(dòng)化:分析系統(tǒng)整合PCR反應(yīng)、芯片檢測(cè)功能;

4.通量高單次檢測(cè) 8-96個(gè)樣本,適合科研及臨床檢測(cè);

5.時(shí)間快:?jiǎn)螇K板1.5h, 八塊板滿載則 4h 內(nèi)完成樣品擴(kuò)增、分析;

6.5x預(yù)混液: 更大的樣品量輸入;

四、結(jié)語(yǔ)

dPCR以明顯的技術(shù)優(yōu)勢(shì),已經(jīng)廣泛應(yīng)用于核酸檢測(cè)的方方面面。dRCR在病原微生物檢測(cè),腫瘤液態(tài)活檢,遺傳生殖檢測(cè),公共衛(wèi)生檢測(cè),環(huán)境微生物檢測(cè),RNA表達(dá)檢測(cè),NGS文庫(kù)定量,甲基化檢測(cè)等領(lǐng)域都發(fā)揮著越發(fā)重要的作用。通過建立完善的dPCR檢測(cè)流程,相信dPCR能讓蓬勃發(fā)展的分子診斷如虎添翼。


 
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